R Bioinformatics Cookbook: Use R and Bioconductor to perform RNAseq, genomics, data visualization, and bioinformatic analysis

Even for begginers it is pretty poor. Any tutorial in the internet may be more useful for the topics included in the book. It may be useful to get a general idea, but not to be introduced in practical bioinformatics

Hallo, dieses Buch leidet unter der Verwendung von R-Libraries, die zumindes zu Anfang des Jahres 2021 nicht funktionieren. Das ist immer der Tod von Cook Books! Hier handelt es sich um die für viele "Rezepte" essentielle Library gmapR, die beispielsweise für das Betriebssystem Windows nicht verfügbar ist (Stand Anfang 2021). Unter den neuesten Versionen von Ubuntu und R hat es aber auch nicht funktioniert.Schade, aber das ist natürlich immer eine Gefahr bei kostenloser Software, die - wie in diesem Falle R mit Bioconductor - irgendwann zu komplex wird, um zuverlässig zu funktionieren.Da nutzt dann auch das schönste Kochbuch nichts, wenn man kein Feuer im Herd hat.Ein Update: Ich gab dem Buch eine zweite Chance. Vergebens, der Code der (Stand Januar 2021) verfügbar war, enthält viele kleine Fehler (fehlerhafte Verweise auf Dateiverzeichnisse), die nur lästig sind, und schwere inhaltliche Fehler. Man kann den Code eventuell selbst korrigieren, dann braucht man aber das Buch nicht mehr... Das Recipe3.R des dritten Kapitels ist eine Zumutung. Wieder wird eine Library verwendet, die noch in der Entwicklung ist, und deren Herunterladen aufgrund vieler Abhängigkeiten reine Glückssache ist. Ich habe es nach mehreren Stunden aufgegeben. Und der Code, der das Herunterladen vereinfachen soll - ja: Code, um das komplexe Herunterladen überhaupt organisieren zu können - den kann man abschreiben. Er ist nicht in den zum Buch verfügbaren Codes enthalten. Viel Spaß dabei.Das Buch hätte eine Lücke füllen können, so füllt es eine Lücke im Altpapier. Der Verlag bedauert...

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